Altro ecosistema presente a Torre Guaceto è la zona umida che si estende per molti ettari dalla torre fino ad Apani; questa è una zona molto importante perché dichiarata zona d'importanza internazionale secondo la convenzione di Ramsar nel 1971. La zona umida è alimentata da fonti sorgive sotterranee ed è costituita essenzialmente da canne di palude che ospitano numerosissime specie di uccelli che vi nidificano. I numerosi specchi d'acqua che si trovano in prossimità della strada che porta alla torre rappresentano un ottimo punto di osservazione per chi voglia scoprire da vicino la bellezza della fauna e della flora locale. Questi specchi permettono la presenza di una grande varietà di uccelli, sia stanziali, come il falco di palude, al vertice della catena alimentare, che migratori, come l'airone cenerino e la garzetta dalla particolare tecnica di pesca. Tra gli animali presenti nella zona umida abbiamo anche molte varietà di anfibi e di rettili, oltre che vari invertebrati come libellule, geridi e tafani o mosche cavalline. Tra gli animali che si possono trovare all'interno della macchia abbiamo il tasso, le cui tane scavate nelle dune sono facilmente osservabili, la volpe, che lascia sulla spiaggia delle orme facilmente riconoscibili per la forma triangolare. La zona umida possiede vari canali che la mettono in comunicazione con la laguna di acqua marina disegnata dal promontorio della torre; questi permettono il passaggio dal mare all'acqua salmastra della palude di varie specie ittiche, quali cefali e anguille, chiamate eurialine, capaci di sopravvivere a grossi stress osmotici. La palude è importante luogo di riutilizzo della materia organica morta, che viene decomposta nei componenti inorganici più semplici e rimessa nel ciclo naturale.