L'ecosistema più presente è quello marino, dichiarato riserva naturale marina nel 1990 e istituita nel 1991, grazie agli studi effettuati dal WWF che ne hanno individuato l'importanza biologica. La riserva, di cui ne sono già stati descritti i confini, è composta di tre zone a diverso livello di protezione: la zona A, a protezione integrale, che comprende il tratto di mare antistante la torre e gli isolotti, dove è proibita qualsiasi attività antropica, salvo quelle di interesse scientifico, previa autorizzazione della Capitaneria di Porto che è il gestore della riserva; la zona B, dove è consentita la balneazione dall'alba al tramonto; la zona C, dove è consentita la navigazione e la sosta di mezzi non a motore provvisti di autorizzazione. La protezione di queste zone ha permesso che la diversità biologica ne fosse favorita, tanto da poter trovare sott'acqua scenari che nulla hanno da invidiare a fondali esotici e molto più pubblicizzati. La purezza dell'acqua è subito indicata dalla presenza della Posidonia oceanica, una pianta superiore marina, dotata di apparato radicale, di fiori, frutti e foglie, che è facile ritrovare spiaggiata sul litorale in grossi banchi. Questa pianta in alcuni punti forma delle vere e proprie praterie che offrono rifugio a vari organismi, come al tordo, un pesce dal mimetico colore verdastro che nello stadio giovanile è sempre di sesso femminile e nello stadio adulto è di sesso maschile, a varie specie di gasteropodi opistobranchi, al riccio di prateria, riconoscibile per la colorazione violacea degli aculei punteggiati da grani bianchi. La popolazione ittica ha beneficiato fortemente dell'istituzione della riserva, che è diventata un importante luogo di riproduzione e di crescita degli stadi giovanili. E' facile ritrovarsi circondati da sciami di latterini, immergersi e incontrare vicino alla sua tana uno sciarrano, che non fugge dinanzi al subacqueo che gli si avvicina ma al contrario lancia occhiate di sfida. La bellezza dei fondali è completata dagli svariati colori degli invertebrati marini, quali le stelle marine e le attinie o comuni pomodori di mare. Fra gli echinodermi presenti vanno ricordati i ricci di scogliera, le spugne e i cetrioli di mare, tra i molluschi polpi e seppie, tra i crostacei aragoste e granchi, tra i celenterati anemoni e attinie; immergersi in queste acque, anche solo in apnea, dà l'occasione di incontrare facilmente tutti questi organismi che abbondano grazie all'istituzione della riserva e all'attività di controllo operata dalla Guardia Costiera.