PARCHI NATURALI NAZIONALI
Parco Nazionale del Gargano	Parco Nazionale Alta Murgia
PARCHI NATURALI REGIONALI
Lama Balice	Porto Selvaggio
RISERVE NATURALI STATALI
Lago Lesina parte orientale	Isola di Varano
Ischitella e Carpino	Sfilzi
Falascone	Foresta Umbra
Monte Barone	Palude di Frattarolo
Masseria Combattenti	Salina di Margherita di Savoia
Il Monte	Murge Orientali
Stornara	San Cataldo
AREE NATURALI MARINE
Isole Tremiti	Torre Guaceto
Porto Cesareo
PARCHI E RISERVE COMUNALI
Laghi di Conversano	Bosco delle Pianelle
OASI WWF
Il Rifugio	Palude La Vela
Le Cesine
ALTRE AREE NATURALI PROTETTE
Bosco Ramitelli - Torre Fantine	Boschi sub-Appenn. Settentr.
Boschi sub-Appenn. Merid.	Bosco dell'Incoronata
Foce dell'Ofanto	Lama S. Giorgio- Triggiano
Gravina di Gravina in Puglia	Fascia costiera di Polignano
Barsento	Torre San Leonardo
Gravine dell'Arco Ionico	Collina e boschi di Massafra
Lago Salinella	Pinete dell'Arco Ionico
Boschi Cuturi e Rosamarina	Bosco di Cerano
Bosco S. Teresa e dei Lucci	Punta della Contessa
Duna del Campomarino	Fiume Chitro
Saline e dune di T. Colimena	Duna Costiera e Palude del Conte
Palude del Capitano	Palude e bosco di Rauccio- Sorgenti Idume
Laghi Alimini	Punta Pizzo
Costa d'Otranto e di Santa Maria di Leuca	Boschetto di Tricase
Montecamplo